Dans cette newsletter régulière, nous relayons des éléments d'informations au sujet de l'épidémie de Covid-19 qui nous semblent important de porter à la connaissance des médecins libéraux.
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La situation dans le Grand Est (du 21 au 27 septembre 2020)
- Taux d'incidence Grand Est : 38 pour 100 000 hab (France : 117/100.000 au 1er/10)
- Taux d'incidence chez les plus de 65 ans 21,8/100.000 hab
- Taux de positivité Grand Est : 3,1% (France entière : 7,6%)
- Taux de réalisation de test Covid-19 : 1 570 pour 100 000 habitants (Grand Est)
Le taux d'incidence est toujours un peu plus élevé dans la Marne (67,4/100.000), avec un taux de positivité à 5,3%. Le Bas-Rhin repasse sous le seuil d'alerte à 45,7 (2,9% de taux de positivité) et la Meurthe-et-Moselle est stable avec un taux de 42,2/100.000 hab (3,1% de taux de positivité). Ces deux départements sont rejoints par l'Aube, dont le taux est monté à 41/100.000, et un taux de positivité important de 4,9%.
Les Ardennes, la Haute-Marne, la Meuse, la Moselle et le Haut-Rhin se situent entre 25 et 29/100.000 habitants et les Vosges repassent sous la barre des 20 avec 17,8/100.00 (positivité 2%).
Au 1er octobre 2020 dans le Grand Est
- 317 personnes testées positives Covid (le 30/09)
- 41 nouvelles hospitalisations
- 8 admissions en réanimation
- 2 décès
Dans les métropoles du Grand Est
- Reims : 112,4 (après un pic à 154,5 la semaine passée)
- Strasbourg : 94,6 (en très légère progression)
- Nancy : 71,3 (en progression)
- Metz : 54,5 (en baisse)
- Mulhouse : 43,2 (en baisse)
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DOSSIER | LE POINT SUR LES TESTS COVID
1] Les tests de détection du virus
Tests avec amplification : RT-PCR
Ces tests utilisent une technique d'amplification génique : on ne peut dire à partir de quel cycle d'amplification l'ARN du virus est retrouvé dans un échantillon. Généralement, les laboratoires n'indiquent pas sur le compte-rendu, le nombre de cycles d'amplification mais le biologiste en tient compte dans son interprétation. Ce test est très sensible et si du matériel génétique est présent sur l'écouvillon, il sera quasiment toujours détecté, même si c'est après un nombre important de cycles d'amplification.
La positivité indique un contact, mais non la contagiosité, bien que le nombre de cycles d'amplification nécessaires pour retrouver l'ARN du virus - d'où découle l'interprétation du biologiste - donnent des indications (négatif, positif, positif faible, ininterprétable) :
- Positif faible, si le laboratoire l'indique, signifie que l'excrétion virale est faible (généralement, cycles d'amplification 33 et 37)
- Positif signifie que l'excrétion virale est plus forte (généralement > à 33 cycles) mais ne certifie pas la contagiosité du patient
- Négatif signifie qu'il n'y a pas de virus dans le prélèvement, ou que sa détection a nécessité un nombre de cycles d'amplification trop important (généralement > à 37 cycles) pour considérer le patient positif. Cela ne garantit pas que le patient est indemne car il est possible que le virus n'ait pas été présent à l'endroit où le prélèvement a été réalisé, ou que le prélèvement ait été trop précoce ou trop tardif.
C'est pour cela que tout résultat doit être interprété en regard du contexte clinique. Le prélèvement naso-pharyngé est à préférer au prélèvement oropharyngé, salivaire ou sur crachat qui sont tous possibles, mais qui ont des performances largement inférieures du fait d'une charge virale plus faible dans ces localisations.
Tests sans amplification : les tests antigéniques
Ces tests se réalisent également en naso-pharyngé de préférence pour une bonne sensibilité. La détection de protéines se fait sans amplification, c'est donc un test nettement moins sensible - surtout en milieu de maladie - bien qu'il soit plus rapide.
Leur place n'est pas encore bien définie par la HAS, notamment pour les personnes asymptomatiques, bien qu'ils soient déconseillés par la Société Française de Microbiologie, du fait de ses moindres performances (60% à 80% de sensibilité par rapport à la PCR). Certaines indications pourraient toutefois être intéressantes :
- patients symptomatiques au début de symptomatologie lorsque les résultats de PCR sont longs à obtenir
- lors de dépistages massifs (universités, avions, etc), en détectant les patients asymptomatiques excrétant une forte charge de virus pour mettre en évidence un éventuel cluster.
- s'il est réalisé en TROD au cabinet, cela peut également permettre de rassurer un patient asymptomatique que l'on souhaite dissuader de faire un test RT-PCR.
NB : les tests antigéniques ne sont pas encore remboursés mais le ministère les autorise dans les dépistages.
Ne pas refaire de tests chez ceux qui étaient positifs +++La technique du pooling (mélange de prélèvements et test, si positif on reteste tout le monde individuellement) pourrait être intéressante uniquement s'il y a épidémiologiquement un très faible taux de positifs, pour mettre en évidence un signal (dépistage de masse en université, etc) mais ce n'est pas le cas actuellement. 2] Les tests de détection de l'immunité
L'immunité est à la fois cellulaire et humorale :
- l'immunité cellulaire relève des centres spécialisés et n'est pas d'accès courant.
- l'immunité humorale se teste par les IgM et les IgG.
C'est la sérologie en laboratoire et les TROD hors laboratoire.
Ces tests donnent des indications (mais sans certitude) tant sur la contamination que sur l'immunité.
Il est impossible de dater une contamination par les IgM qui apparaissent en général entre 5 et 12 jours, mais mettent parfois plusieurs mois à disparaître. Des IgG (apparition plutôt en 10-15 jours) signent un contact. Par contre, l'absence d 'IgM et d'IgG n'exclue pas un contact car certains patients ne présentent pas d'anticorps lors d'une infection et certains ont déjà vu leur taux d'anticorps se négativer depuis l'épidémie de mars.
Leur valeur n'est pas strictement corrélée à la protection dans l'état actuel des connaissances et une personne peut avoir une protection - au moins partielle - même en l'absence d'anticorps à travers son immunité cellulaire. Leur diminution est variable dans le temps et selon les individus.
Tests sérologiques
Les professionnels de santé bénéficient du remboursement de leurs « tests sérologiques », sans motivation, sur simple passage au laboratoire avec leur carte CPS.
Pour les patients, il faut une ordonnance et la mention d'un motif (le contact antérieur probable - même plusieurs mois auparavant - avec le virus est un motif valable).
Dans le cadre de la communication entre prescripteur et biologiste, mettez des informations qui ont du sens médical ! Le biologiste s'en servira pour renseigner Si-Dep qui permet de suivre les résultats.
Tests rapides d'orientation diagnostique (TROD)
Les IGM et IGG peuvent être utilisés et sont autorisés au cabinet du médecin et en pharmacie pour un diagnostic rapide. Ce sont des tests sérologiques réalisés sur une goutte de sang total, prélevée à l'extrémité d'un doigt ; cette goutte de sang est alors mise en contact avec un réactif qui révèle ou non la présence d'anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2. Le résultat est disponible en cinq à quinze minutes.
Leur intérêt est très limité pour repérer l'essentiel : le stade contaminant du patient puisqu'ils est recommandé de les réaliser au minimum 7 jours après le début des symptômes et idéalement à partir de 14 jours.
NB : les TROD ne sont pas remboursés.
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